设立卫尉寺后，第一个要确定的就是级别。
大明的五寺被朱由检调整级别后，目前有大理寺、太常寺、太仆寺三个正三品衙门，光禄寺、鸿胪寺两个从三品衙门。
因为是打算用从三品指挥同知提督，卫尉寺的级别，被朱由检定为从三品。
群臣对此有些异议，因为他们很想将卫尉寺定为正三品，以锦衣卫指挥使担任卫尉寺卿。
这样即使皇帝另外任命锦衣卫掌印，锦衣卫明面上也有了两个指挥使，卫尉寺卿可以在他们支持下和锦衣卫掌印争权。
朱由检当然不允许这样的事情发生，主动压低了卫尉寺的级别，将它定为从三品。
面对群臣将卫尉寺定为正三品衙门的要求，朱由检道：
“卫尉寺卿提升为正三品也可以，但是要列入刑部侍郎候选，可以转任三法司官员。”
“如果你们同意这一点，朕就定为正三品。”
群臣这下不说话了，六部侍郎和尚书、大学士一样，都是他们的自留地，需要廷推任命。
如果将卫尉寺卿列入刑部侍郎候选，并且能转任三法司其他部门。那就多了一群争夺官位的锦衣卫官员，外面的文官能骂死他们。
但是不答应这一点，皇帝又以名不副实为由，不同意将卫尉寺卿定为正三品。
这让他们只能作罢，把卫尉寺定为从三品衙门。
如此一来，卫尉寺卿想要升迁，仍旧是担任锦衣卫指挥使。这个职位的任命权，完全在皇帝手里。
皇帝掌握着卫尉寺卿的前途，自然能对其约束。而不像以前那样，对锦衣卫指挥没有任命权。
作为从锦衣卫分出的新衙门，群臣现在都没有认识到卫尉寺的重要性，但是以后他们就会知道了。
这是公检法中最重要的公共安全机构，放在后世通常都要兼任政府副长和政法委副书记——
职权比检察院、法院这样的独立机构还要大！
所以朱由检才才不惜抛出卫尉寺卿和少卿的任命权，也要在外廷设立这个衙门。
独立任命属官的权力，也可以在卫尉寺设立垂直管理的地方机构时，直接在锦衣卫内部任命，不受外廷干涉。
这是他手中最锋利的一柄刀，他要握紧刀把子：
『军队是枪杆子，政法是刀把子。』
『和平年代通常不需要动兵，执法机构更重要！』
对这个认识很清楚，所以朱由检把锦衣卫向情报机构和公共安全机构转型。完全体的锦衣卫，将拥有情报中心、总队武装、以及卫尉寺执法权。权力之大，连朱由检自己都有些害怕：
『大明的文官，根本不知道这是什么样的怪兽。』
『就是袁可立这样的能臣，囿于时代也看不出来。』
『拥有武装和执法权的情报机构，在任何时代都非常可怕。』
这样的情报机构，可以称为克格勃，更可以称为内务部。后世的绝大部分国家，都不允许这样的机构存在。
朱由检设立这样的机构，是为了在必要时清理朝堂，甚至用锦衣卫和效忠自己的卫所世官，重新打下天下。
这是最深层的目的，目前看来还不需要。
所以朱由检在设计之初就对锦衣卫加以限制，把它分割为相对独立的四个司房。
同时派出太监约束，由内廷掌握钱粮发放。
锦衣卫官员也多用卫所世官，保证他们有较高的忠诚度、背叛成本极大。
只是即便如此，朱由检还觉得不保险。在群臣的要求下把卫尉寺卿和少卿任命权抛了出去，给外廷开了一个口子，以便在必要的时候，用外廷约束锦衣卫——
如果锦衣卫以后尾大不掉失去控制，只需要放开对卫尉寺的保护，外廷就会把卫尉寺夺过去，废掉锦衣卫执法权。
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